建筑物高层水箱由于防腐层脱落或管道的杂质、锈蚀产物的积累，（去离子设备）造成水箱出水水质不合格，必须加强平时的水质监测，必测项目包括色度、浊度、嗅味及肉眼可见物、pH、大肠菌群、细菌总数、余氯。选测项目：总硬度、氯化物、硝酸盐氮、挥发酚、氰化物、砷、六价铬、铁、锰、铅、紫外线强度。增测项目：氨氮、亚硝酸盐、耗氧量。紫外线强度应大于70W/m2,氨氮小于0.1mg/L,亚硝酸盐氮小于0.02mg/L,耗氧量小于1.0mg/L。
水箱平时要上锁，有专人保管，水箱周围2m内不应有污水管线及污染物。（去离子设备）管理人员每年应对设施进行一次全面清洗、消毒。并对水质进行检验，及时发现和消除污染隐患。对已查明存在二次污染的水箱及管道，应采用过氧化氢类的消毒清洗剂进行从高到低的逐层清洗。清洗人员应执证上岗。
预防二次污染的措施包括加装过滤器，余氯小于0.05mg/L时，增加消毒设备或定期投加氯片。水箱材质选用新型耐腐蚀材料。